Ese tipo de imágenes se llama anaglifo; Blender y Animation Master permiten ese tipo de render de forma nativa. Max necesita plugins para ese fin. El resto de software, habrá que averiguar.
Siquier tiene un buen tutorial para hacerlo a mano, sin necesidad de plugins, con 3ds Max y Photoshop: tutorial stereo. Saludos, Shazam.