Buenas. Que yo sepa, no se puede hacer directamente. Lo que sí puedes hacer es usar el Render Elements para hacer el render solo de los atmosféricos, las sombras y tal.
Otro método (bastante más guarro) es usar las opciones del render, en lugar de seleccionar el modo view, usar el selected e ir seleccionando cada cosa.
Salvas cada cosa en (*.tga), para que te guarde el canal alfa y luego compones en Photoshop. Hasta ahí lo que yo se, si alguien sabe otro método, pues que explique. Un saludo.