Yo se la solución, a mí me ocurría lo mismo. Te explico un truco que te va a funcionar seguro. Carga la secuencia en el Combustion. Pincha en la pestaña workspace (donde están todas las capas). Busca la capa que acabas de cargar (la que contiene los rpf) y expándela. Ahora selecciona el footage de la capa. En la derecha cambian los parámetros. Existen dos botones. Source y output. Pincha en output.
Y donde pone frame blending. Actívalo y voila, deberías ver correctamente los rpf.
No sé porque funciona, pero funciona bien y lo llevo usando desde la versión 1. Debe ser algún bug.
Bueno espero que te sirva.