Carga esa imagen en Photoshop, ve a la paleta de canales y elige uno (el que más te guste) y pincha en el botón cargar canal como selección (el icono del círculo que hay abajo de esa ventana). Después pincha el icono siguiente (a la derecha) guardar selección como canal y te creara un canal alfa de lo seleccionado. Finalmente, guarda la imagen con un formato que soporte canal alfa, como el (*.tga) o el propio psd de Photoshop, ya que, como es lógico, el After se entiende perfectamente con los.psd.
Ahora en After importa la imagen que ira debajo (o lo que sea) y la imagen en blanco y negro con el alfa creado. Al cargar esta última (ya sea (*.tga) o psd) se abrirá un cuadro de diálogo con algunas opciones, en el que en principio solo debes activar la casilla de invertir alfa si es que quieres que lo blanco sea transparente y lo negro opaco (ya que por defecto es al revés), y el resto de opciones déjalas como están, ahora mete esas imágenes en una composición, coloca la imagen con alfa encima de la otra (en el orden de capas) y conseguirás el efecto deseado.