[After Effects] Integrar video de efecto en After Effects

Pues hay muchas formas, yo lo haría de la siguiente manera:
1. Duplica esa capa de video.
2. En la capa que has duplicado (la que queda por encima) aplicalé un effects-channel-set cannels y pon todos los canales al rojo. Así obtendrás un matte del plano, es decir una imagen en escala de grises en la que el negro puro será completamente transparente y el blanco puro completamente opaco.
3. Selecciona la capa de abajo y a su lado veras que hay la opción traque matte, abre la pestaña y selecciona alpha matte.

Y listos. Estoy algo dormido y no tengo el After delante. Si te surge alguna duda me la preguntas. Un saludo.