Lo que te expliqué ya es para cargar una secuencia de imágenes como la que tú tienes (de ahí lo de activar la casilla de secuencia xxx que en tu caso supongo que, pondrá secuencia tif).
No, simplemente cuando cargues la secuencia, si esta tiene alpha te saldrá una ventana con algunas opciones de cómo usar ese alpha, entre ellas claro está, la opción de no usarlo (aunque no lo elimina realmente, tus imágenes seguirán teniendo el alpha, simplemente no lo usara).
Como cualquier software con el que empezamos, al principio es bastante lioso ya que no sabemos dónde están las cosas ni para qué sirven. Pero en el fondo el After Effects no es un programa complicado, solo hay que acostumbrarse a su metodología.
En la red tienes infinidad de tutoriales y video tutoriales sobre After Effects, así que, yo antes de gastarme dinero en un curso empezaría por ahí.
Para videotutoriales en español puedes empezar con desesperados, ya que explican el funcionamiento básico del After Effects y te darán una buena base general con la que trabajar y seguir aprendiendo.
En este sentido son muy buenos los cursos de video2brain como este pero son de pago (aunque tienen algunos vídeos gratuitos que siempre pueden servir de ayuda).
Si no te importa el inglés tienes desesperados videotutoriales básicos y luego todos estos no tan básicos que son muy buenos y, aunque están orientados en su mayoría al trucaje y creación de efectos especiales, se aprende mucho con ellos. Son muy visuales, así que, aunque no domines demasiado el inglés se pueden seguir bastante bien.
En inglés también tienes desesperados de la propia Adobe.
Y a poco que busques tú mismo encontraras mucho más material seguramente.