Después de mucho pensar, llamando incluso a las neuronas que estaban de vacaciones, me respondo a mí mismo, aunque espero que haya otro método más directo:
-Selecciono las capas donde apliqué el tracking (en mi caso es una, la imagen que quería sustituir) y las precompongo (menú capa\precomponer o Control + mayúsculas + c).
-Ahora en el panel de proyecto (donde se importan los archivos) pulso con el botón derecho encima del archivo de vídeo que usé, voy a remplazar material de archivo\archivo y elijo el nuevo vídeo (que es el mismo, pero a distinta resolución).
-Para terminar, en el panel de capas selecciono la precomposición que había hecho y modifico su valor de escala (transformar\escala o pulsar la tecla s con la capa seleccionada) en relación a la nueva resolución: si el vídeo nuevo es el doble de grande, por ejemplo, pues pongo un 200% en el valor de escala. Si no es una relación exacta habrá que calcularla o hacerlo a ojo (por eso espero que haya un método mejor que este, pero al menos he salido del apuro).
Por cierto, lo pongo a modo de tutorial para revisar el mensaje si me olvido de cómo se hace y por si le sirve a alguien. Un saludo amigos.