Una forma de hacerlo sería grabar, con la cámara fija, el fondo sin objetos (o al menos sin el objeto que quieres borrar) y luego sin mover la cámara grabar la escena con los objetos. De esta forma colocando el vídeo sin objetos en una capa inferior y el otro en una superior puedes eliminar objetos o parte de ellos (o hacer lo que se te ocurra con ellos de forma individual) creando máscaras animadas que los oculten en la capa superior. Lo bueno de este método es que es fácil de hacer, (aunque algo laborioso según qué vídeo) y las máscaras no tienen porque ser muy ajustadas ni elaboradas la mayor parte del tiempo ya que ambos fondos encajan así que, se verá bien, aunque recortes a lo bruto y no se notaran los cortes de las diferentes capas en ningún momento (salvo en caso de solapamiento de máscaras donde habrá que hilar más fino), con este sistema no solo puedes eliminar cosas sino lo contrario, podrías clonar objetos o añadir múltiples copias de diferentes vídeos siempre que el fondo sea el mismo (por ejemplo, para crear el típico efecto de que varios clones de una persona aparezcan a la vez con distintas posturas y animaciones en la misma escena).
Si lo que quieres es eliminar un objeto de un vídeo que no has grabado tú o del que no dispones la grabación del fondo, la cosa es más difícil ya que una vez recortado el objeto con máscaras, si el que quieres insertar para sustituirlo no es más grande y tapa el hueco o si directamente quieres eliminarlo, tendrás que crear literalmente el fondo (clonando, pintando, etc.) para completar el hueco que deje el objeto, y a no ser que dicho fondo sea algo bastante plano o sencillo (un cielo despejado, una pared de color uniforme, etc.) la cosa puede ser muy complicada y los resultados.
Bastante insatisfactorios.
Con el típico fondo verde lo que haces es lo contrario, es decir, facilitas el recorte del objeto para insertarlo en otro fondo o escena. Esto también lo puedes hacer a mano (con máscaras animadas, diversos filtros, y mucha paciencia) o con herramientas como la rotobrush que viene a ser algo similar a la selección rápida de Photoshop, pero para vídeo, y que como bien dices solo se encuentra en la versión cs5.
En este hilo del foro explico un poco mejor el primer sistema para insertar distintas animaciones de un objeto a la vez en una escena. Pera hacer lo contrario (eliminar un objeto) sería lo mismo, pero ocultando dicho objeto en todo momento con una máscara.