Si no recuerdo mal en la versión 3 del Boujou (no se en la nuevas) si utilizabas una secuencia entrelazada, al exportar la cámara te generaba 1 keyframe de cámara por campo, luego al exportarlo al programa 3d tenías una cámara ralentizada al doble. Ten cuidado con eso.
Bueno no sé a qué más puede ser debido, lo único más que se me ocurre es que, a la hora de hacer el feature tracking en propiedades fuerces los valores max search distance a 50, y la sensibilidad a tope. A ver si te mejora el trackeo. Además, si tu plano es muy jodido de trackear (desenfoques de movimiento, poca textura etc.) puedes ayudar al Boujou con los Target Tracks trabajando a mano donde el programa no tiene información suficiente. Saludos.