Ains, los campos, los dolores de cabeza que dan, ¿eh? La verdad es que la mejor solución es renderizar de nuevo la secuencia. El problema de juntar ambos campos es que en secuencias con movimientos tendrás frames fantasmas. Otra solución consiste en quitar uno de los campos, pero tendrás la mitad de resolución horizontal.
La tercera opción es usar algún software que sea capaz de generar un frame progresivo a partir de uno interlazado. Uno de los mejores que conozco se llama dvfilm y, de hecho, se usa en muchas películas indies para pasar los montajes interlazados a progresivos y de ahí positivar a 35mm. Es lento de cojones, pero es el mejor que conozco.