Hola. La manera correcta, o al menos la que propone el programa, es utilizar el Project Navigator. Sintéticamente lo que hace es ordenar una serie de archivos, en carpetas, definiendo niveles (planta baja, 1 piso 2 piso etc). Y divisiones (ala norte ala sur etc) para luego mediante Xref unirlos en un solo archivo.
La ventaja de trabajar de esta manera es que posturas en cada archivo una planta distinta, y trabajas mucho más cómodo, y a la hora de generar cortes puedes unir todos los niveles sin problemas.
Espero te sirva el dato.