Atras un árbol en After Effects

Si los árboles tienen detrás un color distinto, puedes jugar con los canales de color para aislarlos y luego aplicar un Color Key que produira un matte.

Si no ocurre esto, lo tendrás que combinar o sustuir con las siguientes técnicas:
Matchmoving o rotoscoping.

Matchmoving es recrear tus objetos y cámara en 3d para luego poder generar mapas de opacidad.

Rotoscoping es trazar máscaras animadas fotograma a fotograma que sigan las formas de los objetos a enmascarar.

En tu caso, la segunda opción parece la mejor, aunque los árboles son complicados de trazar. Suerte.