Baja de temperatura al activar fan de capas

Hola,.
Tengo la impresora Hephestos 2 con el Firmware Marlin 1.1.9.
En general la impresora con el Firmware funciona muy bien, salvo cuando se activa el fan de capas. Llega a bajar hasta 6 grados, y dependiendo de la pieza si es que hace muchas retracciones seguidas le cuesta o llegar a la temperatura indicada inclusive da error de temperatura.
Los escenarios son los siguientes:
– Si activo el fan en la 3er capa al 80% baja 6 grados la temperatura, recuperar esos 6 grados le cuesta mas o menos 1 minuto. Esto es suficiente para qué determinadas piezas chicas que hacen retracciones seguidas falle (una pieza chica qué imprimí como prueba falló).
– Desde la 1er capa activo el fan al 40% y luego en la 3er capa lo activo al 80%, baja la temperatura 2 grados. El problema acá es que no se nota qué le cuesta llegar a la temperatura objetivo porque desde que caliente el extrusor el fan está activado.
– Luego de comentar esta línea #define FAST_PWM_FAN y volver a configurar el PID, el archivo con la pieza chica lo pude imprimir. Aunque bajo 6 grados recuperó la temperatura mas rápido que sin estas modificaciones.
Con el firmware original podía activar desde la 3er línea el fan al 100%, por este motivo y porque daba el error de temperatura reduje el porcentaje al 80% sin éxito.
Dejo el link con el firmware y las líneas modificadas:
Firmware.
Comentar una línea y volver a hacer el PID mejoró, aunque noto que el problema persiste.
Lo que no entiendo y no estoy seguro es el hecho de que se trate a un fan que no trabaja con pwm como si lo fuera (lo que se es que el fan es DC, GND y 5V. El PWM tiene 4 cables donde controla las vueltas que da). Digo esto porque no estoy seguro si es esto o si yo estoy tirando un bolazo. Lo que sí vi que las líneas que tratan al fan como PWM en el firmware original (similar a marlin) están activados, son estas dos líneas #define FAN_SOFT_PWM y #define SOFT_PWM_SCALE 0, en marlin son iguales y así están en el firmware que subí a la placa.
Otra cosa qué podría hacer para solucionar, pero no creo que sea lo adecuando, es activar el fan al momento de hacer el PID. Pero por lo que busqué en ningún lado dicen que hay que hacerlo.
Agradezco si alguien puede ayudarme.
Vengo del foro RepRap en español, me sorprende lo muerto que está. En general los problemas que tuve los solucióné. Pero este me superó, y parece una bobada