Componer videos en compositing

Hola. Trabajo con Blender 2.78 en un proyecto con bastantes objetos animados. He pensado renderizar por capas para acortar el tiempo y luego componer los videos en Compositing.
He encontrado la manera de hacer videos con fondo transparente a base de renderizar con fondo verde y después en compositing eliminar el fondo con un node Keying y un Alpha Over, pero cuando vuelvo a renderizar la salida Composite me aparecen los bordes muy defectuosos, como puede verse en el video de prueba.
Hay algún método mejor para componer videos con fondo transparente? Gracias.
Archivos adjuntados