Para asegurarnos primero, que entiendes por ESCENA.
Un escena o Scene es como lo de la imagen siguiente.
Si es eso, lo que hay que hacer es abrir una ventana de Video Sequence Editor, donde se van añadiendo escenas.
Lo mejor es crear una escena en blanco contando con todas las escenas, o sea, si tienes tres escenas de 250 frames, creas una de 750 frames para qué te entren todas.