A ver. Ctrl+A y Rotación & Escala
Esto sirve para APLYcar (aplicar) la rotacíon o escalados que se hacen al objeto.
Cuando se rotan los objetos estando en modo edición, los ejes del objeto no cambian y como todo se basa en la dirección de las normales por eso ocurren esas desviaciones o rotaciones falsas de la dirección.
Para ver la dirección de las normales, te pones en modo edición (Edit Mode) y en el panel de la derecha (letra T) marcas la opción Normals Faces (ver la dirección de las normales dé la cara) y veras una línea azul que tiene que apuntar en la dirección que tú quieres.
Si hubiera qué INVERTIR esa cara tienes la opción FLIP Direction (girar la dirección) en el panel de la izquierda (letra n) en (normals: Flip Directions).
Eso se tendría que tener siempre en cuenta, tanto en el plano emisor como en el objeto que vas a utilizar.