Problema con Blender extrusión escala

Me da la sensación de que para solventar lo del medio círculo en vez del círculo entero esta lo del cursor, que no es unsnap, sino un punto de pivote. Lo que creo que pasa es que, aunque tienes el pivote en el cursor, el cursor no está en el centro del círculo, entonces se comporta de una forma que no es la esperada.

Para hacer lo que quieres hacer (o lo que creo que quieres hacer), yo lo que haría es lo siguiente:
Por lo visto, el centro del objeto que estas editando está en el centro del círculo. Así que hay varias opciones para centrar el cursor en el centro del círculo, por ejemplo:
A) pulsar el tabulador para salir del modo edición, y con el objeto seleccionado pulsar shift+s, y dentro del menú seleccionar cursor todo selection.

B) sin salir del modo edición, seleccionar dos vértices, el de arriba y el de abajo del centro del círculo, y colocando el cursor igual que en la opción a, pues así se coloca en el centro de la selección (no sé si para esto tienes que tener el pivote puesto en median point o bounding box center, pero aquí ya nos liaríamos, así que, para evitar complicaciones usaría la opción a).

Una vez hecho esto, puedes extruír en cero (creo que sé a qué te refieres) y luego escalar con el pivote en el cursor. Como el pivote estará en el centro, debería funcionar como esperas que funciona.