Las manchas suelen ser objetos repetidos, si es una sola malla, selecciona todos los vértices y presiona w > remouve doubles.
Si son objetos diferentes, mira a moverlos y tienes que ver que hay dos en el mismo sitio, también puedes hacer un Control + N (en Edit Mode y todos los vértices seleccionados) para recalcular las normales, que a veces suele haber alguna invertida.