Vale, hecho. Tras encontrarme con algunos programas con algunos problemas (principalmente, no gestionar transparencias), he probado con el siguiente script para Gimp: https://registry.Gimp.org/node/1771.
Para instalarlo (en Ubuntu).
-Lo copiamos en el directorio de plugins: ~/.Gimp-2.6/plugins/.
-Le ponemos permisos como ejecutable desde consola con el comando sudo chmod +x sprite_tape, py (estando dentro del mismo directorio, claro).
Ahora simplemente aparecerá un menú en Gimp llamado Python-fu, y dentro encontraremos el script. Abrimos como capas todas las imágenes y ejecutamos el script.
Por si a alguien le interesa. Un saludo.