Los materiales que reciben sombra de un objeto transparente deben llevar en. Material > shadow > receive transparent activado.
Lo mismo para el plano de la mesa si también recibe alguna de esas sombras.
Editado:
Perdona, me he despistado y te he dado los datos para render Blender, no para Yafray.
Estaba mirando ahora y veo que la última versión ha cambiado bastante los sistemas de transparencias.
Creo que es, subiendo los valores de depth del render.