Calibrar Ender 3 Pro sobre el cristal

Hola, soy nuevo en esto de impresoras 3d. Acabo de comprar una Ender 3 pro, y después de montarla, me pongo a calibrar y me surgen un par de dudas.
Por internet todos los calibrados que he visto son con la mesa magnética, pero la mía tiene un cristal encima con unas pinzas. la duda en si el calibrado es con el cristal o sin él. ¿Qué diferencia hay entre imprimir con el cristal o sin él? El cristal tiene un plástico fino, ¿este se quita?
Muchas gracias por todo. Un saludo.