Exporta como un seriado de imágenes en cualquier formato que acepte transparencias, por ejemplo, (*.tga), un, dos, tres, responda otra vez.
Ti tu ti tutirururi, ti tu ti tutiruriri.
A veces estas cosas dependen más de dónde debe ir a parar al final ese video que no de dónde viene. ¿para qué quieres el fondo con transparencia?