Los proxies, una vez creados, ya no son manipulables. Se importan sin material y tienes que tenerlo preparado de antemano.
Antes de hacer tu proxy, le aplicas el material correspondiente a cada cosa, después lo attachas todo junto con lo que te habrá creado un material multisubobjeto asignando automáticamente los grupos de id. Ahora puedes hacer el proxy, guárdate el material que has creado y después aplícaselo al proxy donde te haga falta. Un saludo.