Yo lo editaria en AutoCAD y lo pasara al max, o mejor lo construiria en el max al proyecto, pero de todas formas, hay dos métodos que se me ocurren te pueden servir, no sé si existe de otra forma de hacerlo.
Desde el AutoCAD puedes grabar cada elemento que quieras editar con un nombre o capa (layer), si creas varias ventanas tendrás que colocar a cada ventana en una capa, con esto tienes cada solido separado al momento de importar, el inconveniente es que estas creando una lista larga de capas para tu proyecto.
Desde max una vez desvinculado (bind) debes seleccionar, por ejemplo: una ventana, se seleccionara el grupo de ventanas pues están vinculadas por capa, luego con click derecho sale una ventana vas a convert > Editable Poly, luego en el panel de modificar en el max y seleccione element > detach, -esta en la pestaña edit geometry, con eso has desvinculado tu ventana de las demás, este paso debes hacerlo por cada elemento que quieras editar.
Para editar en 3dsmax debes saber manejar vértices, caras, entre otros busca tutoriales de edición de mallas con Editable Poly debe haber en el foro > tutoriales o en youtube. Suerte con tu proyecto.