Ok empecemos por el principio:
Hasta donde yo sé, Final Cut reconoce automáticamente el canal alfa de un vídeo (lo he probado, el archivo en cuestión fue exportado de Premiere a partir de una secuencia de pngs).
Basándome en eso supuse que cualquier editor de vídeo debería reconocer el canal alfa de un vídeo automáticamente (cosa que no me consta ya que nunca me había tocado trabajar con vídeos transparentes).
Ahora bien, según pruebas hechas en kdenlive, Blender y si mal no recuerdo Premiere, el canal alfa no es reconocido automáticamente (por eso dije que no funcionaba, una conclusión un poco apresupuestorada) resulta que el canal alfa esta ahí, pero hay que activarlo mediante algún tipo de efecto (en Blender usé un alfaover, en kdenlive una transición de tipo componer).
Lo que no me queda claro es: si al importar en Final Cut un clip con alfa exportado desde Blender el canal alfa será reconocido automáticamente o habrá que activarlo mediante algún efecto (esto no lo he probado aún) lo que no me molesta tanto porque de las dos formas funcionaría, sólo que en la segunda habría que añadir un paso extra.
Posdata: 1: no soy yo quien editara en Final Cut.
Posdata: 2: descubrí que es mejor usar straight alpha en lugar de premultiplied, ya que los bordes no se ven afectados. ¿puede alguien arrojar más luz?