El flash mx 2004 o flash 8 tienen sus propias herramients para convertir a (*.flv), utilizan el Sorenson sparque o el VP no sé cuántos.
Al importar los videos a flash es cuando aparecen estas opciones de compresión, por ejemplo, en flash mx si tienes un avi en la librería lo puedes exportar de la librería a (*.flv), y lo hace bastante bien.
Si son para web creo que son una buena opción si quieres que el video se empiece a reproducir nada más pinchas en el enlace.
Para meterlo en una película flash lo tienes que meter en un contenedor, el Flash MX profersional tiene un error de programación sobre esta cuestión, en el flash 8 esto está arreglado, aparte que tiernes más opciones.
Venga un saludo y a investigar sobre ese formato.