Hola. Para pasar mis animaciones fash a video, exporto mi trabajo en flash como archivos (*.png), genera un archivo (*.png) por cada frame de la animación flash, trabajo a 25 frames por segundo.
Luego abro After efects e importa la secuencia de imágenes (*.png) como un solo archivo, y desde ahí hago el render como un archivo avi.
En After Effects cuando importo un archivo (*.png) aparece una opción de colapsar todos los archivos secuencialmente enumerados por flash.