¿Has trabajado con los archivos directamente del CD? Si es así, ya sabes lo que no tienes que hacer para la próxima. Jamás se me ha ocurrido trabajar con ficheros que no estén grabados en el PC, el más mínimo fallo puede acarrear consecuencias parecidas a la que has tenido tú.
Mira que los ficheros no estén protegidos contra escritura (aunque esto no tendría nada que ver) o cualquier otra cosa pulsando sobre el fichero con el botón derecho del ratón y yendo a la opción propiedades. Suerte.