Hola, bienvenido al foro. Te estas haciendo un lío con el diference key, además de que estas mezclando churras con merinas. El efecto Matrix es una cosa, y el keying es otra. Hay muchas técnicas para hacer keying, por colorimetría, por luminancia, o por diferencia, son las más usadas.
-El primero consiste en hacer el matte utilizando un color (el típico croma verde o azul).
-El croma por luminancia saca el croma por diferencia de luminosidad. Separa las zonas más luminosas de las menos luminosas, así, si has grabado algo frente a una pared blanca, o algún sitio con luminosidad diferente a la del objeto que quieres mantener, aplicas este método.
-El croma por diferencia se basa en tener por un lado el plano con el tipo, o la nave, o el objeto que sea, y por otra parte tener eso mismo exactamente igual, pero sin el tipo / nave / objeto. Así, restando el primero menos el segundo, la diferencia es precisamente ese objeto.
En After Effects no sé cómo se aplica, en Combustion tendría que mirarlo, pero supongo que, en la ayuda del After vendrá explicado. Lo importante es eso, que tengas un plano con el mismo tiro de cámara (tiene que ser fija, o bien cámara robotizada que haya repetido dos veces el mismo movimiento, pero no creo que tengas de eso :p). Saludos.