Pues lo que te pasa es que, al renderizar en 3ds Max, el azul es el color de fondo. Por lo tanto, el tga que te genera lo hace transparente.
Cuando importas a Combustion, el fondo del proyecto es negro por defecto, así que, a través de la ventana se ve el color de fondo, negro en este caso.
Efectivamente, cuando le dices a Combustion que en vez de color+alpha (transparencia) te saque solo el color, pues sale al azul, no te aplica la transparencia de esa zona.
Pare evitarlo pon en el 3ds Max algún objeto detrás de la ventana, o en las opciones del tga no actives el alpha.
Espero haberte sido útil.