La cosa funciona así: cuando vas a pagar algo, entre tu ordenador y el que va a recibir los datos de tu cuenta se envían una serie de datos (tus datos de cuenta bancaria que proporciones). Aún suponiendo que el sitio donde compras sea de fiar (porque podrían tratarse de estafadores), existe el problema de que los datos que envías al otro ordenador se pueden interceptar en la red.
Para subsanar este problema, muchos sitios de pago (sobre todo, los serios) usan el llamado protocolo de transferencia segura (puedes reconocerlo porque la web que aparecerá a la hora de hacer el pago no empezara por http, sino por https, donde la s es de seguro). En este tipo de comunicación, tus datos viajan cifrados, lo cual te protege de una posible lectura por parte de terceros.
Firefox lo único que hace es avisarte de que el sitio donde estas enviando tus datos no usa ese protocolo, con lo cual es posible que alguien los intercepte y los use maliciosamente. Un saludo.