El boolean substraction me hace cosas raras

Buenas. Estoy con el 3d Studio max9. La cuestión es la siguiente: tengo un polígono y quiero quitarle un trozo de otro polígono. Y al darle substraer (a-b) me lo resta, pero me deja la malla abierta. Nunca antes me había sucedido esto. ¿alguien sabe a qué se debe?
Dejo unas imágenes para que os hagáis una idea:
-este es un lado donde me funcionó correctamente:
El boolean substraction me hace cosas raras-bien.jpg.

Este es el otro lado, donde hago exactamente lo mismo con otro cuadrado de otras dimensiones, pero lo mismo en esencia. Como veis me lo hace mal, se ve el interior del polígono:
El boolean substraction me hace cosas raras-mal.jpg
Necesito de vuestra sabiduría.

Miniaturas adjuntas
El boolean substraction me hace cosas raras-bien.jpg   El boolean substraction me hace cosas raras-mal.jpg  

Ver más sobre el tema y los comentarios en el foro