Ender 3 Pro problema primeras capas más bajas

Hola. Acabo de empezar hace un mes con este asunto de las impresoras 3D con una Ender 3 pro y todo iba perfecto. Sólo he tenido problemas con la cama magnética que después de la primera semana de uso estaba totalmente deformada. Cristal y muelles duros mano de santo.

Pero ahora tengo otro problema y no encuentro solución: Tengo la cama perfectamente nivelada y los pasos/milímetros de cada motor bien ajustado. El margen de error en las medidas es mínimo, excepto en piezas con altura de menos de 2cm (ese es el problema).

Todo viene por el efecto de pata de elefante. Siempre me salen las primeras capas ensanchadas y no sabía porque hasta ayer. Le ponga mucha separación del cabezal a la cama o poca no cambia nada. Tampoco cambia jugando con las temperaturas ni con el flujo. Me estaba volviendo loco hasta ayer que descubrí por qué (pero no encuentro solución). Resulta que al intentar recalibrar los pasos/milímetros del eje Z por enésima vez, encontré una forma de colocar el calibre digital de modo que es 100% sencillo y fiable tomar mediciones y me di cuenta de lo siguiente:

El eje Z sube casi exactamente lo que le pido con sólo un margen de error más o menos de +-0.02 milímetros, pero, el primer centímetro (es decir, estando en la posición 0 al subir 10 milímetros) no sube 10 milímetros sino 9.85 milímetros. De ahí en adelante si sube lo que corresponde. Resumiendo: posición abajo del todo, subo 10 milímetros y sube 9.85 milímetros, subo otros 10 milímetros y sube a 19.85, subo otros 10 y va a 29.85, 39.85. Conforme se va acercando a 80 milímetros si va acercándose a la medida real de la pieza porque es la medida con la que ajusté los pasos/ milímetros.

Para verlo mejor lo que hice fue subir de 10 en 10 milímetros y poner a cero cada vez el calibre, o sea, subir 10, ver medición y poner a 0, subir, ver y poner a 0, subir. Entonces claramente se ve que la primera medición es de 9.85 milímetros y el resto de 10.

Para precisar más pasé a movimientos de 1 milímetros. Estando en 0 abajo del todo subo 1 milímetros y el calibre me dice que ha subido solo 0.85, subo otro milímetro y ya si me dice que ha subido 1. A partir de aquí bien ya. Para más precisión paso a saltos de 0.1 milímetros. Y el resultado es que en los 3 primeros saltos me dice que sube menos (no recuerdo la cifra, repetiré las medidas). Al cuarto creo recordar ya medía 0.1 milímetros (era ya tarde y acabé rápido para irme a la cama).

Entonces esas primeras capas están prensadas y es lo que explica la pata de elefante y la falta de altura de la pieza.
Estos días he impreso 7 piezas de 10 milímetros que deben ir apiladas para dar sobre 70 milímetros y mide casi 2 milímetros menos dando lugar a holguras.

Pensaba que iba a ser por algún problema mecánico, como por ejemplo que el husillo estuviese mal justo en esa zona, los perfiles, rodamientos, pero no, debe ser algo de configuración o software. Si muevo el final de carrera más arriba para evitar esa zona se traslada el problema, ese primer milímetro, pongas el home donde lo pongas mide menos.

Da la impresión sé que eso sea apropósito para asegurar la adhesión a la cama, pero en ese caso perjudica más que ayuda, con el cristal y la laca se pega a veces incluso demasiado.
En los menús de la Ender no hay ninguna opción relacionada con ese aspecto. No sé si podrán estar relacionados los babystep Z, pero solo aparece la opción al iniciar impresión. Otra cosa sería meter comandos GCODE a mano para contrarrestar el efecto si es que los hay.

A ver si me podéis ayudar porque se está forma no me sirve la impresora para piezas de precisión, si calibro el Z por ejemplo con un cubo de 2 cm las piezas pequeñas me salen bien, pero las grandes me salen más altas. Y si calibro con medidas más grandes, las piezas grandes salen bien pero las pequeñas salen más bajas (que es lo que me pasa ahora). Y realmente en cualquier caso la calibración no es buena porque como dije, ese primer milímetro siempre mide menos.

Así es como imprimo:
PLA 200°
cama 40°
boquilla 0.4
altura capa 0.2
Espero que me podáis ayudar y perdón por semejante tocho.