Ender 3 Pro saltos entre capas

¿Y las correas las tienes bien tensas… X; Y ?
¿El ventilador te funciona desde el principio al 100%?
A veces es problema del ventilador que no enfría el filamento depositado.
La temperatura recomendada es de 200 para PLA y yo personalmente tengo la cama a 50 grados.
¿Has mirado si la bandeja se mueve mucho? Estando apagada se entiende.
¿Está la impresora bien asentada sin ningún vaivén?

Lo de pasar el papel, yo casi que lo hago siempre. Primero subo el cabezal en eje Z, caliento en PLA y limpio la boquilla bien para que no quede nada de filamento y luego hago el Auto Home y pasar el papel en las cuatro esquinas y centro y si alguno roza mas de la cuenta repito la operación.

De todas formas, yo casi diría que lo que tienes sucio es la rueda dentada que hace la retracción, y que te debe de patinar por algún motivo.
Mi Ender 3 Pro que me he comprado, tiene en el muelle un tornillo para hacer mas fuerza, es un modelo mas moderno y viene también con la placa silenciosa.

Y mirar también que el rollo de filamento no tire mucho de ese filamento, cuanto menos resistencia tenga,. o sea, que ruede bien sin frenar, mejor te funcionará la entrada de filamento por el fusor.