Estrucurado de Blender

Es como dice Mars, simplemente maximiza Blender hasta que ocupe ambos monitores y después te creas las ventanas que quieras.

Si vas a hacer escenas complejas, no te recomiendo usar 2 monitores con Blender, porque es todo OpenGL (incluso los botones) y por lo tanto vas a notar un descenso de la velocidad en el interfaz.

Yo tengo 2 monitores y los uso muchísimo, pero dejando uno de ellos para otros programas (un editor 2d para texturizar, un editor de sonido, uno de video, un navegador para buscar referencias/texturas o seguir un tutorial cómodamente, etc).