Si en 3dsmax tienes las shapes en distintas capas, supongo que, cuando las exportes a AutoCAD, cada una de ellas, se quedará en su capa correspondiente.
Creo que no tendrás problemas por el número de capas, el único inconveniente es que, si en 3dsmax te aparecen ordenadas alfabéticamente, puede que en AutoCAD se desordenen, para que en AutoCAD aparezcan nuevamente ordenadas, debes teclear en la línea de comando maxsort y dar enter, entonces te aparecerá un valor que puede ser 250, ese número es el límite de capas que tiene en ese momento para ordenarlas alfebéticamente, lo cambias a un número superior y ya aparecerán ordenas nuevamente en orden alfabético. Suerte.