Me temo que te tienes que dar de alta en autónomos y facturar como profesional, es decir, la factura tendría que llevar la retención del 20% y por supuesto el iva. Estas retenciones son de cara al IRPF, tendrían que ser declaradas en renta en el caso de los individuales y el impreso que te tendrían que dar es el 10-t, seguro que te suena.
Otra posibilidad, es buscar un amigo, que tenga una empresa o sea autónomo y te haga la factura, sin más, le vendría bien poder deducir ese iva. Con esa cantidad inferior a 500.000 ptas pasaría desapercibida de cara a hacienda (relativamente), salvo que le tocara una inspección exhaustiva a el y en ese caso también, no sé cómo actuarían la verdad. Nadie sabe que criterios emplea hacienda para elegir las inspecciones, pero, esa declaración puede ser un dato a tener en cuenta a la hora de la facturación entre empresas y las sanciones que hacienda práctica son muy fuertes, no se andan con chiquitas.
El tema de que hasta cierta cantidad es posible no facturar no es así. Esto viene a cuenta de que todos los años hay que hacer una declaración a hacienda que se llama declaración de operaciones con terceros, en esta declaración tienen que figurar las operación (con iva, por supuesto) efectuadas con terceros superiores a una cifra de 500.000 de las antiguas pesetas. Esta declaración sirve a hacienda para atar, pienso yo, cabos entre empresas y buscar posibles anomalías entre lo que han declarado unas y otras con el fín, creo yo, de rastrear fraudes fiscales y tal. En tu caso, si fueras empresario individual, autónomo, podrías no hacer la factura con iva, en un momento dado, que pasaría desapercibida al no superar esa cifra, pero bueno, es una tontería, pienso yo, no hacerla, porque ese iva lo deducirías.