Puedes exportar cada fotograma en formato (*.tga), con las opciones 32 bits, compress y pre-multiplied alpha activadas. Luego After Effects creo que puede cogerte la secuencia de imágenes tga que has renderizado, y el mismo programa te debería reconocer la transparencia.
Por supuesto, max reconoce la transparencia donde no hay nada, así que, procura que no haya ningún plano u otro objeto de fondo, ya sea para environment o para otra cosa.
Creo que esa es la mejor manera de hacerlo, al menos hasta dónde yo se. Un saludo.