Los dos hacen exactamente lo mismo y en los dos obtendrás los mismos resultados, la diferencia de un track solido a uno bailarin son las horas que le dediques para hacerlo.
En cuanto a cuál de los dos escoger, pues los dos tienen el mismo soporte, ahora puedes buscar tutoriales en internet que te ayuden, una vez que sabes los básicos para trackear solo hay que buscar las herramientas en los programas.
El trackes automático de es realmente pésimo, así que, en general:
Boujou para tracks relativamente rápidos y automáticos.
Vaya para tracks manuales y creación de mallas por puntos.