No acabo de entender lo que quieres hacer. ¿usar un disco duro externo para instalar el sistema y arrancar con él? Si es así, yo lo he hecho alguna vez utilizando gparted desde cualquier live CD de Linux (Ubuntu, mint, etc.) para dar formato y administrar las particiones. Incluso si me apuras podrías hacerlo desde la propia instalación del sistema.
Si es para instalar alguna distribución de Linux lo ideal es crear 3 particiones (las dos primeras en formato ext4 como primarias): una para la raíz del sistema (/), otra para la home y la última para la swap.
Durante la instalación del sistema, si no quieres tocar tus discos duros internos, recuerda que debes instalar el Grub en ese mismo disco duro extraíble para que, cuando al encender el ordenador, selecciones ese disco de entre los dispositivos de arranque, cargue su correspondiente Grub y el sistema, si no es así, posiblemente no arrancara. Muchos de los fallos en arranque pueden deberse a una mala instalación del Grub o incluso de incompatibilidad entre versiones. Suerte y ya nos cuentas.