Depende. Para que lo quieres usar? Si es Motion Graphics, no hay ninguna duda: After Effects, y la mejor web para aprender como te han dicho es videocopilot. Si no conoces el: vaya. What up? Andrew Kramer here, no sabes After Effects.
Pero, si te quieres dedicar en serio a composición pura y dura Nuke es tu programa, toda la industria audiovisual se está moviendo hacia Nuke. Su composición por nodos, su trabajo en 32 bits total y su trabajo con EXR y algunas que otras cosas le dan mucha ventaja. En After también se pueden conseguir efectos chulos, es verdad, pero no tiene color la versatilidad de trabajar de uno y de otro. No estoy diciendo que uno sea mejor que otro, ojo. Nuke, por ejemplo, no tiene timeline, por esto para Motion Graphics como que no.
Algunos plugins de After (algunos integrados) como keylight o Camera tracker son de the Foundry (los creadores de Nuke): https://www.thefoundry.co.uk/.
También tiene 3d tracking y planar tracking totalmente implementado y, además Nuke es un programa de composición 3d, mientras After Effects es 2,5d.
Mírate los tutoriales de videocopilot y algunos que puedes encontrar de Nuke en su página web y decide.
Posdata: en un sitió escuche delante de una pregunta similar: es que After Effects se tiene que conocer si o sí, es cómo saber utilizar Windows o el Word. Aunque al final no te dediques a composición tener unos conocimientos mínimos es imprescindible. Es verdad que After Effects se utiliza en todos los estudios, pero si te miras ofertas de trabajo serios (eso elimina España de la lista) veras que todas las ofertas para composición son para Nuke. Pero saber After no hace daño a nadie, y si usas Photoshop tampoco es muy complicado.