Hay un hilo detallado sobre esto. Pero ahora mismo: Te das de alta a hisenda (trabajo), más o menos da igual en que sección te metas, antes se tenía que pagar, pero ahora solo pagas el modelo (1,5 euros aproximadamente), pregunta en hisenda que es lo que hice yo y te meten donde ellos creen oportuno. Con esto vas a la seguridad social y te das de alta como autónomo, son unos 270 al mes, pero los 3 primeros años pagas unos 170 euros al mes.
En la factura tienes que incluir +21% de iva, y deducir un -9% de IRPF. (este 9% también es los 3 primeros años, luego sube a un 19% creo). Deduciendo el IRPF en tu factura tienes la ventaja de que no tienes que hacer papeleo más adelante.
Y ya te queda devolver cada 3 meses el iva cobrado, y la declaración.