Una textura Atlas (Atlas Texture) es una imagen grande dónde caben varias imágenes dentro de ella, y así a la hora de cargar en los juegos (por ejemplo) tenemos ya la imagen cargada y no tiene que ir cargando diferentes imágenes para él mismo objeto o escenario.
Para eso debemos descargar el plugin desde la página de Gimp http://registry.gimp.org/node/25129.
Este archivo de tipo SCM se ha de colocar en la carpeta de scripts que hay Gimp.
Dejo un vídeo para qué se vea mejor, en el cual unifico cuatro texturas en una sola con muy pocos clics.
Primero carga una de las imágenes y luego le añado el resto arrastrándolas y ya podemos indicarle desde Filtros > Combinar > Fudse Layers y se creará una imagen nueva con todas las seleccionadas, por el orden que le hayamos indicado (cuantas columnas queremos).
Decir que esa prueba la he realizado con cuatro imagen del mismo tamaño, por lo que si el tamaño es diferente, puede cambiar la imagen ATLAS final.
Dejo otro vídeo parecido sobre el tema.