En el estado actual de ambos escritorios creo que el que está mejor posicionado es Gnome, he usado casi de todo, wmaker, Gnome, KDE desde sus versión es 2, rox, fluxbox, etc.
A día de hoy me pasa como a otra persona que usaba fluxbox y luego vio que Gnome ya no chupa tanta máquina, con una máquina normal para hacer 3d uno no debería tener muchos problemas en correr Gnome o KDE, yo uso Ubuntu y en toda la familia de xbuntu la original, la de Gnome, es claramente la mejor y más pulida, en mi opinión el KDE actual es el escritorio que más recursos necesita, espero que eso lo mejoren con KDE 4 y que se curren un buen apoyo a distribuciones como Kubuntu o la versión KDE de Suse para que estén al nivel de Gnome en dichas distribuciones.