La Matrox permite trabajar con determinados programas gracias a plugins que Matrox a preparado para cada uno de esos programas. Combustion no está dentro de ese grupo de programas, así que, por ahora no es posible trabajar con la Matrox en Combustion. Respecto a si Combustion o After Effects ahora que lo tienes. Yo lo tendría muy claro, seguiría usando Combustion porque lo considero mejor opción (decisión personal, no generalizada), pero teniendo una licencia original y manuales de After Effects, no lo arrinconaría, sino que aprovecharía para profundizar en ese programa que también es una buena opción.
Claro esto siempre que tuviera tiempo para dedicarle a estudiarlo, sinceramente estuve a punto de comprar el paquete completo que incluye After Effects, no lo uso y no lo necesito, pero por el precio al que te venden la licencia del After Effects cuando lo compras junto con la Matrox, vale la pena tenerlo y así tener los manuales originales, aunque use un programa determinado siempre me gusta conocer e incluso dominar otros programas, nunca se sabe en futuras versiones como evolucionaran esos softwares, además de que ha uno le gusta ampliar sus conocimientos, aunque sea por controlar mejor el medio en general, además After Effects se usa mucho en productoras de televisión, así que, siempre te puede venir bien si necesitas buscar trabajo, o si lo necesitarás buscar en el futuro. La verdad es que tener el original y sus manuales es una oportunidad que se te brinda y creo debes aprovechar. Llevo tiempo buscando ha alguien que domine Shake o Digital Fusion para que me de un curso de control medio del programa, ya si me interesa más pues me animaría a adquirir conocimientos avanzados. Un saludo.