[Inkscape] Problemas con las capas y eggbot

Hola a tod@s:
Estoy trabajando con Inkscape. Vectorizo una imagen con 4 tonos de grises y sin apilar pasadas. A continuación me voy a Extensiones>Eggbot contributed>Post process trace bitmaps. Allí quito la imagen original y relleno la región con color. Me crea 3 capas en 3 tonos de grises. Cambio el tamaño y la situación de la imagen en el papel para qué a la hora de imprimir quede bien (hay que estirar un poco la imagen para qué quede bien el dibujo en el huevo). El problema qué encuentro es que, aunque en todas las capas ponga la misma x, y, w y h las capas no quedan una encima de otra, quedan un poco movidas.

Alguien puede echarme una mano?

Veo la imagen, pero no lo comprendo muy bien, puedes pasar el archivo para qué siga tus pasos?
No obstante, estoy pensando que con los botones de alinear quizás pudieras ponerlas todas alineadas.