Yo siempre he llevado los trabajos a imprenta en pdf y eps. Los formatos propios de un programa, como FreeHand o Illustrator, a menudo me han dado problemas pues las imprentas suelen tener versiones muy antiguas de estos programas.
De todas formas, no tengo instalado Inkscape y no sé a qué formatos concretos puede exportar, ni hasta qué punto es compatible con ellos. Yo haría lo de siempre, cuando cambias de programa o de imprenta llevas un CD con tu trabajo en todos los formatos vectoriales que puedan ser compatibles y una imagen tif sin compresión y de alta resolución por si todo lo demás falla.
Aunque si no recuerdo mal Inkscape solo soportaba (*.png) para exportar bitmaps, pero puedes pasarlo a tif mediante Gimp y de paso corregir el antialiasing si fuera necesario.