Jerk y aceleraciones Ender 3 problema

Hola a todos, he tenido problemas con mi impresora Ender 3, ya le apliqué un mantenimiento y se han corregido algunas cosas, pero otras continúan, en el famoso cubo de calibración las aristas verticales me salen redondas o como que terminan en pinto y continúan, también cuando se hace la cavidad de las letras “X” y “Y”, debido a poco tiempo entre semana solo he podido ver que estos problemas se hacen moviendo el firmware, encontré los parámetros de Jerk aceleración y demás, los modifiqué en un rato que tenia y al día siguiente imprimí, no hubo resultados, esto debido a que no se guardaron los cambios.
¿Cómo puedo conservar los cambios?
Encontré esos datos en cura también, ¿Es mejor que los traiga el Gcode y no la impresora?

Otro problema que tengo es que las cavidades internas de una figura son más pequeñas en la realidad, por ejemplo, un cubo de 20mm, con cavidad cilíndrica de 15.2 y un cilindro de 15mm en diseño me resultan en una pieza en la vida real con las medidas 20.1×19.9y20.1z, cavidad de 14.7×14.5y, el cilindro en 15.1×14.9, como alternativa bajé el flujo a 85 por ciento y una expansión horizontal en -0.1, lo que hace que encajen, pero con medidas más alejadas al diseño.
mis dudas son:
¿Qué error es normal o aceptable en los ejes?, ¿Se puede lograr error en 0.03 o al menos en 0.0? (las cuerdas ya tensadas y escuadra del eje z con sus 90 grados).
¿Hay forma que las medidas de cavidades internas me las respete tanto como las paredes?
¿Los cambios que se tengan que realizar para mejorar la exactitud de los ejes, como se guardan?

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