Manchas negras al aplicar power booleans

Hola. Estaba yo trabajando en un edificio, había pensado en hacer los huecos para las ventanas con unas booleanas y aquí aparece el problema. Me hago 153 cajas para las booleanas de 153 huecos para 153 ventanas. Las booleanas las hice con Power Booleans y el resultado fueron 153 huecos (eso bien) pero, un montón de manchas negros en la fachada, os dejo una imagen para que le echáis un vistazo. ¿Hay alguna manera de quitar las manchas de la fachada (debido a la deformación de la Maya, ¿supongo? ¿Es adecuado hacer el hueco de las ventanas con booleanas? Si no es así, ¿Cuál es el mejor método? He probado a poner la ventana directamente sobre la fachada, sin hueco, pero claro al darle transparencia al cristal me aparece el ladrillo de detrás.
Miniaturas adjuntas
Manchas negras al aplicar power booleans-render_interior.jpg  

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