Si los apagaba en Render Elements volvían las sombras al render, pero con los renders elements encendidos las sombras se iban.
Ahora, si quería tener el z y los matte es imprescindible incluir shadows en Render Elements, tuve que el render output lo dejo en, HDR, y los renders elements en (*.png) o algo así, ahí volvían las sombras en el, HDR y aparte tenía el canal de las sombras desde Render Elements.